西安航天总医院门诊部位于医院南侧，设有诊室18个，（内一科、内二科、内三科、内综合科、外一科，外二科、外三科、中医科、儿科、感染科、针灸科、口腔科、妇科、产科、皮肤科、眼科、耳鼻喉科、急诊科）。辅助科室有放射科、检验科、B超室、心电图室、脑电图室、肺功能室、TCD室、病理科、胃肠镜室等。 诊室聘请教授、主任医师、副主任医师或高年资主治医师座诊。 急诊科 ——对院前急救和集体突发疾病抢救治疗有着丰富的经验，2004年以较高分数通过西安市急诊科验收。 放射科——拥有西门子螺旋CT、岛津1000mAX光机、瑞士C型臂DSA系统。 功能科——拥有西门子彩超、TCD、24小时动态心电（血压）监测仪等。 检验科——拥有全自动生化分析仪、血流变仪等。 血透室——有德国贝朗、费分尤斯透析仪6台，经门诊就诊程序即可透析，能同时透析6人。 针灸科——对腰腿痛、带状疱疹止痛治疗效果明显。 碎石科隶属泌尿科，对泌尿系结石采取体外碎石治疗，24小时接诊。 防保科——常年为区域内儿童办理计划免疫证，按时注射各种疫苗，并定期对儿童进行健康体检和健康问题咨询。